レイアウト例(384ウェルプレート)

下の図はsiRNAトランスフェクション最適化キット・384ウェルプレートタイプのレイアウトです。

• blankは主にプレートのエッジ効果を回避するためのもので、条件検討の評価には使用しません。
• UTはトランスフェクション複合体を含まない無処置群で、陰性対照のsiRNAと比較することによって各トランスフェクション条件による細胞毒性を見積もるために使われます。
• 001～140はsiRNA量と遺伝子導入試薬の種類、濃度を変化させた各種条件に対応します。同じ条件番号が2ウェルずつあるのは陰性対照siRNAと細胞死を誘導する陽性対照siRNAがそれぞれ入っているためです。また4色に色分けされているのは、それぞれバッファとsiRNAの濃度が異なるためです。

操作方法

プレートの操作方法の概要をご紹介します。詳細はプレート取り扱い説明書やデータ評価用アプリケーション説明書をご覧ください。

1. ご使用の15～20分前に冷凍庫からプレートパックを取り出し、安全キャビネット内等で室温に戻します（※パックは室温に戻るまで開封しないでください）。
2. 細胞懸濁液を準備します。
3. ディスペンサーまたはマルチチャンネルピペットで適量の細胞懸濁液をプレートに分注します。
4. プレートを10秒間（30xg、室温）遠心処理してください。
5. インキューベーター内で静置培養します。
6. プレートリーダー等で生細胞を測定します。
7. アッセイデータを解析ソフトTFCVのスプレッドシートにコピー＆ペーストし、計算を行います。

レイアウト例

右上の図はsiRNAトランスフェクション最適化キットによって得られたいくつかの条件で、4つの目的siRNAを導入するようにデザインされた例です。
このようなレイアウトではqPCRやウエスタン、レポーターアッセイなどによるノックダウン効率の評価や再現性評価、または最終的なスクリーニング条件の決定などに利用することができます。

• Block1,2は同じ条件のものですが、例えば添加する化合物の濃度を変化させるような場合に利用します。
• blank, UTは無処置群です。
• TF1～TF6は異なるトランスフェクション条件（試薬種類、濃度）等を表します。
• Negは陰性対照、Pos1～4は導入したいsiRNAです。
• ノックダウン効率評価、再現性評価、スクリーニング条件検討に利用されます。

右下の図は一般的なsiRNAライブラリスクリーニング時に利用されるレイアウトです。
エッジ効果を回避するための無処置群(blank)がプレートの両サイドに配置され、その内側の列には主に陰性対照(Neg)や陽性対照(Pos1～Pos3)などのコントロールsiRNAが配置されています。残りの領域には実際のライブラリsiRNAがレイアウトされます。ライブラリの規模によってプレートの枚数は増えることになりますが、コントロールsiRNAの配置は基本的には全ライブラリプレートで共通です。